根据工作需要，经2021年9月30日吉林大学第19次校长办公会议研究决定，成立“吉林大学黑土地研究院”，依托地球探测科学与技术学院建设。目前，参与建设单位为地球探测科学与技术学院、化学学院、植物科学学院、生物与农业工程学院、地球科学学院、管理学院、基础医学院、农业实验基地。
吉林大学黑土地研究院是为了贯彻习近平总书记关于保护黑土地保护及保障粮食安全的重要指示，通过整合地学、化学、农学、农业工程、生物科学、管理学等相关学科的科研和人才优势，建立研究与成果转化机制，全面提升我校黑土地研究领域理论与技术水平，为保障国家粮食与生态安全，为推进乡村振兴、东北振兴贡献吉大力量。黑土地研究院将把黑土地基础研究与人才培养工作紧密结合，为学生融合研究、融合学习、融合实践搭建高质量平台，着力提升人才培养质量，积极申报吉林省特别是国家专项研发计划项目。
研究院领导团队：院长曾昭发教授（地探学院）、常务副院长赵玉岩教授（地探学院）、副院长高岩教授（化学学院）、秦建春教授（植科学院）、付君教授（农机学院）。
研究院设7个研究团队：
1. 黑土探测与演化机理研究团队
2. 黑土地利用评价与规划研究团队
3. 黑土地保育与健康农业研究团队
4. 黑土地保护装备研发团队
5. 生物质改良土壤技术研发团队
6. 土壤微生物资源研究团队
7. 黑土地保护利用协同发展研究团队
研究院设4个研究基地（ “一中心三辐射”）：
1. 黑土地保护技术示范基地（农业实验基地，学校核心试验区）
2. 风沙瘠薄黑土区保育基地（通榆县，吉林西部试验区）
3. 典型黑土地保育基地（德惠市，吉林中部试验区）
4. 暗棕壤黑土区保育基地（磐石市，吉林东部试验区）
研究院联络地点：朝阳校区岩化楼
